1991. gada 13. decembrī ar Aizsardzības ministra pavēli tika izveidots 4. Daugavpils robežsargu bataljons.
1992.gadā šā bataljona pirmā komandiera majora Dmitrija STEPANOVA vadībā sāka veidot bataljona štāba nodaļas un sāka apsargāt Latvijas -Baltkrievijas un Latvijas -Lietuvas republikas valsts robežu.
1992.gada 17.martā pirmais Silenes robežsargu rotas norīkojums izgāja apsargāt valsts robežu, bet 14.aprīlī valsts robežu apsargāt izgāja Tīmaņu robežsargu rotas vīri.
1992.gadā tika izveidots Daugavpils Dzelzceļa robežkontroles punkts ar 4 dzelzceļa robežkontroles nodaļām. Daugavpils DzRKP Daugavpils nodaļu nodibināja 31.martā, Indras nodaļu - jūnijā, Kurcuma nodaļu - jūlijā un Eglaines nodaļu - septembrī.
1992.gada 1.jūnijā uz autoceļa Subate-Obeļai darbu uzsāka Subates robežkontroles punkts. Tā bija viena no pirmajām apakšvienībām, kura pārgāja uz robežsargiem - profesionāļiem. Jau 1997.gada aprīļa pēdējās dienās uz citām apakšvienībām tika pārcelti visi obligātā dienesta robežsargi. Uz šosejas Daugavpils -Medumi, kas ir galvenais virziens uz Rietumeiropu - Lietuvu, Poliju un Vāciju, kur bija liela autotransporta plūsma tika izveidots Medumu autoceļa robežkontroles punkts.
1993.gadā nodibināja Kuļbovas rotu, kura ir vienā no tām vietām, kas ir saistīta ar Latvijas Republikas robežapsardzības dienesta vēsturi, jo šeit pēc 60 gadiem Latvijas brīvvalsts robežsargu kordona ēkas atgriezās pie saviem īstajiem saimniekiem - robežsargiem.
1992.gada 30.decembrī darbu sāka Pātarnieku autoceļa robežkontroles punkts, kurš izvietots uz šosejas Krāslava - Pātarnieki - Bigosovo.
1997.gada 7.janvārī ar Aizsardzības ministra pavēli Nr.7 "Par Robežapsardzības spēku personālsastāva nodošanu Iekšlietu ministrijai" 4.Daugavpils robežsargu bataljons tika nodots IeM pakļautībā. 1997.gada 14.februārī 4.Daugavpils robežsargu bataljons pārdēvēts par Robežsardzes Daugavpils pārvaldi. No 1998.gada 14.aprīlī Robežsardzes Daugavpils pārvalde tiek pārdēvēta par Valsts robežsardzes Daugavpils pārvaldi. Šajā laikā sākas arī vērienīgi celtniecības un rekonstrukcijas darbi.
1998.gadā 28.septembrī tika nodots ekspluatācijā Kaplavas robežapsardzības nodaļas komplekss, uzsākta Silenes robežsargu nodaļas kompleksa celtniecība, tā nodoto ekspluatācijā 1999.gadā 30.septembrī.
2001.gadā 9.jūlijā ekspluatācijā nodots Robežnieku robežapsardzības nodaļas komplekss tā paša gada 17. decembrī Vorzovas robežpārejas punkts.
2002.gadā Daugavpils pārvaldē tika nodoti trīs jaunuzcelti un moderni objekti: 20.jūnijā - Šķaunes robežapsardzības nodaļas komplekss, 14.augustā robežsargi uzsāk dienesta pienākumu pildīšanu jaunuzceltajā Piedrujas robežapsardzības nodaļā, 5.decembrī atklāts Kaplavas robežpārejas punkts „Kaplava".
2003.gadā ekspluatācijā nodoti Meikšanu un Demenes robežpārejas punkti.
2004.gadā Indras robežkontroles punkta personāls pārceļas uz jaunuzceltām dienesta ēkām.
2008.gada maijā tika uzsākta vērienīga Valsts robežsardzes Daugavpils pārvaldes kompleksa rekonstrukcija. 2009.gada aprīlī ekspluatācijā tika nodotas divas administratīvās ēkas ar garāžām operatīvajam transportam un sakaru tornis, tā paša gada novembrī ekspluatācijā tika nodots sporta komplekss, kinoloģijas centrs un garāžas. 2010.gada jūnijā - administratīvā ēka un administratīvā saimniecības ēka, savukārt, septembra vidū līdz ar Aizturēto ārzemnieku izmitināšanas centra „Daugavpils" nodošanu ekspluatācijā tika pabeigta Valsts robežsardzes Daugavpils pārvaldes kompleksa rekonstrukcija.
Valsts robežsardzes Daugavpils pārvaldi ir vadījuši:
- No 1991. gada 13. decembra majors Dmitrijs Stepanovs
- No 1993.gada 29.decembra bataljonu komandē majors Aivars Latkovskis
- No 1994.gada 1.septembra par bataljona komandieri tiek iecelts pulkvežleitnants Leonīds Lasmanis
- 1995.gada 10.februārī 4. Daugavpils bataljona vadīšanu pārņem pulkvežleitnants Jevgēnijs Lapkovskis
- 1996.gada 30.jūlija bataljona vadība uzticēta pulkvežleitnantam (patreiz ģenerālim) Ivaram Zālītim
- Pulkvedis Ēvalds Mekšs Daugavpils pārvaldi vadīja no 2002. gada 18.oktobra
- No 2005. gada 27. jūlija pārvaldes priekšnieks bija pulkvedis Leonards Doņikis
- No 2008. gada 1. februāra līdz 2011.gada 29.martam Daugavpils pārvaldes priekšnieks bija pulkvedis Jurijs Kokins
- No 2011.gada 9.maija un līdz šim brīdim pārvaldi vada pulkvedis Oļegs Jemašovs.
Daugavpils pārvaldes pastāvēšanas gados agrāko vagoniņu vietā ir uzbūvētas modernas, dienesta pienākumu izpildei piemērotas ēkas, Daugavpils pārvaldes robežsargu rīcībā ir jaunākā tehnika, sakaru līdzekļi. Šobrīd personāls sekmīgi veic pārvaldei deleģēto uzdevumu izpildi - Latvijas Republikas un Baltkrievijas Republikas robežkontroli, kā arī ārzemnieku uzturēšanās kontroli pārvaldes atbildības rajonos. Uz doto brīdi Valsts robežsardzes Daugavpils pārvalde sastāv no piecām robežapsardzības nodaļām un diviem robežkontroles punktiem, Daugavpils I kategorijas dienesta, un tajā integrētā Aizturēto Ārzemnieku izmitināšanas centra „Daugavpils" . Kopējais apsargājamās robežas garums ir 298,9 km, no tiem 172.9 km ar Baltkrievijas Republiku un 126 km ar Lietuvas Republiku.