1991. gada 13. decembrī ar Aizsardzības ministra pavēli tika izveidots 3. Ludzas robežsargu bataljons (3.LRB). Par 3. Ludzas robežsargu bataljona komandieri tika iecelts kapteinis Imants Daugerts.
1991. gada 18. decembrī 3. Ludzas robežsargu bataljons sastāvēja no 10 struktūrvienībām.
1992. gada uzsāka darbu Grebņevas, Opoļu, Terehovas, Goliševas, Meikšānu robežkontroles punkti, Zilupes rotas Pasienes robežsargu vads, Zilupes dzelzceļa robežkontroles punkts, Krivandas atsevišķais vads.
1993. gada uzsāka darbu Rēzeknes dzelzceļa robežkontroles punkts Kārsavas stacijā, Kārsavas rotas Goliševas robežsargu vads. 3. LRB tiek izveidotas sekojošas struktūrvienības: Finansu nodaļa, Robežapsardzības nodaļa, Sakaru nodaļa, Izlūkošanas un informācijas nodaļa, Ierindas nodaļa, Bruņojuma un tehniskā daļa, saimniecības daļa.
1992.gada 17.februārī ar Aizsardzības ministra pavēli 3. Ludzas robežsargu bataljonā apstiprināja 307 štata vienības.
1995.gada 1.decembrī 3.Ludzas robežsargu bataljons tiek iekļauts Robežapsardzības spēku sastāvā un tiek piešķirts juridiskās personas statuss.
Līdz 1997.gadam Robežsardze bija Aizsardzības ministrijas pakļautībā. Pēc Robežsardzes pāriešanas Iekšlietu ministrijas pārraudzībā uz 3.LRB bāzes tika izveidota Robežsardzes Ludzas pārvalde. Par Robežsardzes Ludzas pārvaldes priekšnieku nozīmēts pulkvežleitnants Jānis Kuprinskis.
1997.gada janvārī LR Iekšlietu ministrs apstiprināja Robežsardzes Ludzas pārvaldes struktūru un štatu sarakstu.
1998.gadā uzsākts un nodots ekspluatācijā Terehovas RKP un uzsākta Grebņevas RKP celtniecība. Notiek valsts robežas atjaunošanas darbi, patruļtaku izveide un iekārtošana.
1999.gadā Robežapsardzības dienestā pakļautībā tika izveidota Deltaplānu nodaļa.
No 1999.gada Valsts robežsardzes Ludzas pārvaldei ir savs karogs - VRS LUP vienotības simbols ar devīzi:
„Sargi, saudzi, stipru dari,
Mūsu mīļu tēvu zem'!",
kura mets 1999.gada 25.augustā apstiprināts Latvijas valsts Heraldikas komisijas sēdē.
2000.gada februārī nodots ekspluatācijā Grebņevas RKP.
2000.gadā Robežapsardzības dienesta pakļautībā esošā Deltaplānu nodaļa tika izveidota par atsevišķu nodaļu.
2001.gada augustā nodota ekspluatācijā Aizgāršas RSN. Uzsākta jauno dzelzceļa robežkontroles punktu celtniecība Zilupē un Kārsavā, uzstādīti 4 novērošanas torņi.
Sakarā ar 2001. gada grozījumiem Latvijas Republikas valsts robežas likumā, Robežsardzes likumā un likumā „Par policiju" ar 2002. gada janvāri VRS LUP tika izveidota vēl viena jauna nodaļa - Imigrācijas nodaļa.
Ar 2002. gada jūliju tika reorganizēta Deltaplānu nodaļa un izveidota Aviācijas nodaļa. 2002. gadā septembrī ekspluatācijā tika nodoti Zilupes I kategorijas DzRKP un Kārsavas I kategorijas DzRKP un 5 novērošanas torņi. Tika iesākta jaunu objektu celtniecība Opoļu RSN, Krivandas RSN un iesākta Pasienes RSN dienesta ēkas rekonstrukcija.
Ar 2014.gada 26.maiju VRS LUP priekšnieka amatā iecelts pulkvežleitnants Ivars Ruskulis.